Сюжет книги извилист, но, в отличие от современных художественных произведений о вампирах, в «Упыре» Толстого нет логических и сюжетных нестыковок. Делая несколько неожиданных поворотов, повествование приходит к финалу настолько логично, что концовка книги выглядит совершенно естественной.